Когда в 1250 году мамлюки свергли династию Айюбидов в Египте, Иерусалим был включен в состав сирийского султаната Айюбидов, который вел войну с мамлюками. В начале 1260 года в Эрец-Исраэль вторглись татаро-монголы; жители Иерусалима, охваченные паникой, бежали из города. В сентябре 1260 года мамлюкам удалось нанести монголам поражение у Эйн-Харода, и Эрец-Исраэль стала частью мамлюкского султаната.

Первое время после отступления монголов Иерусалим оставался в запустении. Еврейский богослов-мистик из Испании, рабби Моше бен Нахман (Рамбан; 1194 - ок. 1270), прибывший в Иерусалим осенью 1267 г., в письме к сыну описывает плачевное состояние, в котором пребывала еврейская община города через семь лет после монгольского нашествия. По его словам, в Иерусалиме постоянно проживало только двое братьев-евреев, красильщиков по профессии, в доме которых приезжавшие в город евреи собирались на молитву. Под руководством Рамбана была создана небольшая община из оставшихся в Иерусалиме и его окрестностях еврейских жителей, в одном из заброшенных зданий основана синагога и, по-видимому, иешива. С тех пор в городе постоянно существовала еврейская община.
При мамлюках Иерусалим превращается в центр мусульманского богословия, и множество паломников устремляется в город. Мамлюкские власти всячески подчеркивали значение Иерусалима для ислама, поощряя строительство медресе (высшая религиозная школа у мусульман), мечетей, мавзолеев и заезжих дворов для паломников. Они предприняли также реконструкцию комплекса мечетей на Храмовой горе и отстроили заново городскую крепость (Цитадель) возле Яффских ворот. Одну из башен этой крепости до сих пор ошибочно называют башней Давида.

Мамлюки мало заботились об экономическом развитии Иерусалима, и поэтому, несмотря на превращение города в мусульманский религиозный центр, экономическое положение его населения (в конце XV века оно не превышало 12 тысяч человек) было весьма тяжелым.

Так как мусульманские религиозные лидеры пользовались большим влиянием в Иерусалиме, немусульманское население города подвергалось частым гонениям, а заступничество христианских правителей за своих единоверцев в Иерусалиме, по большей части, оставалось безрезультатным. Вспышки насилия со стороны мусульманского населения были направлены, в основном, против францисканцев, которые в 1334 году построили монастырь на руинах церкви крестоносцев на Сионской горе. Францисканские монахи несколько раз подвергались аресту и отсылались в Дамаск или Каир. Когда в 1452 году христиане воздвигли церковь на Сионской горе (там, где, по преданию, скончалась дева Мария), она была сразу же разгромлена мусульманскими фанатиками. От разрушительных набегов пострадала и главная христианская святыня - Церковь Гроба Господня.
В 1474 году мусульманская толпа разрушила центральную синагогу в Еврейском квартале (так наз. синагогу Рамбана) - на том основании, что она примыкала к зданию недавно выстроенной мечети. После многочисленных ходатайств представителей еврейской общины Иерусалима в Каире султан распорядился восстановить синагогу - вопреки активному сопротивлению местного мусульманского духовенства (в конце XVI века, уже под властью турок-османов, синагога была окончательно закрыта).

* Каббала - эзотерическое еврейское теософское учение с выраженными элементами мистики и магии. Наиболее древние источники каббалы относятся к III в.

Правление крестоносцев вызвало интенсивную христианизацию Иерусалима. Многие мусульманские святыни были превращены в церкви. Так, мечеть Купол скалы стала Храмом Господа (Темплус Домини), мечеть Аль-Акса - Храмом Соломона (Темплус Соломонис), главной церковью основанного в 1118 году ордена тамплиеров (храмовников). К тому же, велось широкое строительство новых церквей. Больше всех славилась своей пышной архитектурой новая Церковь Гроба Господня, освященная в 1149 году. На протяжении XII века возникли и укоренились христианские предания и традиции, связанные с Иерусалимом и его окрестностями, в особенности - легенды о последних днях жизни Иисуса (например, предание о Крестном пути - Виа Долороза).
Еврейская община Иерусалима в этот период была немногочисленна. С 1391 года в Иерусалиме стали постепенно селиться семьи насильственно крещеных испанских евреев (марранов), которые вернулись к иудаизму. Иммиграция евреев из других стран Европы была пресечена папой римским Мартином V, который в 1427 году запретил итальянским республикам, контролировавшим морские пути в Средиземноморье, брать на корабли евреев, направлявшихся в Святую землю. Причиной для этого запрета был конфликт между монахами-францисканцами и евреями Иерусалима вокруг прав на Сионскую гору и расположенную на ней предполагаемую гробницу цар Давида.
Евреи страдали и от тяжелого экономического гнета. В 1440 году на них была наложена особая годовая подать. Будучи не в состоянии ее платить, многие евреи Иерусалима, с трудом зарабатывавшие на жизнь ремеслом и мелкой торговлей, покинули город. По свидетельству современника, рабби Ицхака бен Меира Латифа, в 1470 году в Иерусалиме проживало около 150 еврейских семей. Согласно сведениям известного богослова из Италии, рабби Овадии Бертиноро, (см. раздел Приложение), переселившегося в Иерусалим в 1488 году и ставшего духовным лидером еврейской общины города, в Иерусалиме проживало тогда только 70 еврейских семей. Положение изменилось в конце XVI века, когда власти отменили еврейскую годовую подать, а корабли итальянских республик, отправлявшиеся в Святую землю, снова стали перевозить евреев. К тому же, в Иерусалим начали прибывать евреи, изгнанные из Испании в 1492 году. Один из учеников рабби Овадии Бертиноро сообщает, что в 1495 году еврейска община Иерусалима насчитывала около 200 семей. К концу мамлюкского периода официальный глава евреев империи (нагид) рабби Ицхак Шолал, переселившийся из Каира в Иерусалим, издал здесь ряд предписаний, направленных на укрепление еврейской общины города.